河南省医药科学研究院前身为河南省医学科学研究所，系河南省综合性医学药学科研机构，始建于1962年，省公益一类事业单位，具有独立法人资质。2005年，河南省深化省属社会公益及农业类科研机构管理体制改革，被河南省机构编制委员会确定为非营利性科研单位，为郑州大学直属事业单位。主要任务是从事基础医学、重大疾病防治、药物等专业领域的基础、应用基础研究和社会公共服务。现主要研究方向为肿瘤学、药学、感染与免疫学，契合郑州大学肿瘤学和临床医学一流学科建设要求。内设肿瘤研究所、药物研究所、感染与免疫研究所等研究机构。院区建筑面积4700余m2，固定资产2898万元，大型仪器设备80余台（件）。拥有河南省肝病药理重点实验室、河南省肿瘤流行病学重点实验室、郑州市神经免疫学重点实验室等科技平台。在食管癌早诊早治、病毒性肝炎实验诊断、抗肝纤维化新药研发等方面有着辉煌的成就，产生了国家级重大成果。近年来，又开辟了恶性肿瘤早期标志物发现、神经免疫性疾病精准诊断、新型药物纳米递送系统研发等新兴领域，在国内外产生了较大影响。
核定编制130人，其中省科研事业编制60人，郑州大学高等教育事业编制70人。2020年末实有在岗人员72人，其中研究员8人，教授4人，副高级职称人员21人。享受国务院政府特殊津贴专家2人、河南省政府特殊津贴专家3人，中原学者1人，中原千人计划学者1人，河南省特聘教授1人，郑州大学特聘教授4人。博士生导师4人，硕士生导师27人。
河南省医药科学研究院是省内首批招收医学博士研究生单位，培养了分布海内外的大批医学科研骨干力量。目前，是郑州大学华大基因学院依托单位，和郑州大学与美国德州大学联合培养博士研究生海外虚拟研究院建设运行单位。其中，华大基因学院是郑州大学二级学院，是2018年3月15日由郑州大学和深圳华大基因科技有限公司签署协议合作共建的研究型学院。仅招收攻读硕士学位、博士学位研究生。致力于开展生命科学、精准医学等相关研究，建成国际化、高水平的研究型学院，打造国际一流科研平台、创新平台和技术辐射平台，培养生物、医药领域科研和产业需要的高层次创新拔尖人才。经过近3年的积极工作，学院建立起了较为完备的研究生培养体系。包含院本部及海外虚拟研究院共计在读硕士116人、博士研究生3人。
附设河南省医药科学研究院附属医院、郑州市海普医学检验所和河南银丰细胞组织人类遗传资源库三个科技转化平台。