河南省农业科学院经济作物研究所主要从事棉花、油菜、油莎豆、大蒜、豇豆、向日葵等主要经济作物的遗传育种、资源利用及种质创新、栽培生理和技术等方面的研究和示范推广工作。下设棉花研究团队、油菜研究团队、油莎豆研究团队、大蒜研究团队及豇豆研究团队。棉花研究团队被授予“国家科技创新团队”，油菜研究团队荣获“河南省科技创新团队”。河南省农业科学院经济作物研究所是河南省农业科学院直属研究所之一。始建于1958年，前身是河南省农林科学院作物研究所， 1979年分设增建河南省农科院经济作物研究所，主要从事棉花、花生、大豆、油菜、芝麻等经济作物遗传改良及种质创新、栽培生理及技术的科技创新、科技成果示范推广工作。2000年与河南省芝麻研究中心合并组建河南省农科院棉花油料作物研究所，2006年更名为河南省农业科学院经济作物研究所。
“十五”以来，先后承担国家“863”、国家“973”、国家科技支撑计划、国家“948”重大专项、国家自然基金、农业科技跨越计划、国家农业科技成果转化资金、国家农业结构调整重大专项、国家发改委产业化项目、国家科技攻关项目、国家重点研发专项、中央引导地方基础条件建设专项、农业部发展棉花生产专项基金、省重大专项、省杰出人才创新基金等项目200余项；获批“农业部黄淮海油料作物重点实验室”、“国家油料改良中心河南花生分中心”、“国家大豆改良中心郑州分中心”、“农业部中原地区作物栽培科学观测实验站”、“国家黄淮海转基因大豆基地—郑州转基因大豆生态育种与中试试验站”、“花生遗传改良国家地方联合实验室”、“河南省油料作物物遗传改良重点实验室”、“花生遗传改良国际联合实验室”、“双低油菜丰油10号原原种扩繁基地”、“河南省绿色油料作物工程研究中心”、“河南省中药材道地化工程技术研究中心”、“河南省油莎豆资源开发与利用工程技术研究中心”、“河南省经济作物育苗工程技术研究中心”、“河南省优质花生产业化工程研究中心”、“河南省油莎豆产业创新联合体”等国家和省级科研平台15个；累计获得省部级以上科技成果奖励49项，其中国家级成果奖7项，审（鉴）定农作物新品种135个，其中国家审（鉴）新品种48个，获得植物新品种权授权45个，获国家专利授权69项，其中发明专利33项。
从河南省农业科学院经济作物研究所相继走出了中国工程院院士1人、中原学者2人、国家现代农业产业技术体系首席1人、国家现代农业产业技术体系岗位科学家5人、试验站站长1人，河南省现代农业产业技术体系首席1人、河南省农业产业技术体系岗位科学家4人。先后荣获全国十佳科技工作者1人、 国家有突出贡献中青年专家3人、“百千万人才工程”国家级人选5人、国务院特殊津贴19人、河南省科学技术杰出贡献奖1人、河南省杰出专业技术人才称号1人、河南省优秀专家9人。目前，河南省农业科学院经济作物研究所拥有在职职工48人，其中研究员、副研究员20人，博士、硕士25人。“十四五”期间，主要承担国家重点研发计划专项、国家自然科学基金、国家现代农业产业技术体系、河南省重大专项、河南省现代农业产业技术体系、河南省重点研发专项、河南省优势特色农业产业支撑行动计划、河南省现代农业科技综合示范县建设等各类省级以上项目70余项。