河南省肿瘤研究院始建于1977年，是河南省最大的非赢利性肿瘤研究中心，隶属于河南科技厅和卫生厅双重领导的全供事业单位，河南省肿瘤研究院的前身是河南省肿瘤研究所。

2005年，河南省科研机构管理体制改革，河南省编委[豫编（2005）53号]文件将河南省肿瘤研究所确定为非营利性科研单位，并入河南省肿瘤医院，核定事业编制20人。 2009年2月21日，经河南省机构编制委员会办公室批准，同意河南省肿瘤研究所更名为河南省肿瘤研究院[豫编办（2009）223号]。2010年7月14日，经河南省卫生厅批准，同意河南省肿瘤医院、河南省肿瘤研究院内设研究机构包括肿瘤基础研究所、食管肿瘤研究所、肺部肿瘤研究所、肝胆胰肿瘤研究所、胃肠肿瘤研究所、乳腺肿瘤研究所、骨髓瘤研究所、淋巴瘤研究所、妇科肿瘤研究所、甲状腺肿瘤研究所。

历经30多年的发展，研究院已成为中原地区唯一一所集医疗、科研、预防为一体的大型综合肿瘤研究基地。河南省靶向基因研究中心、河南省肿瘤干细胞重点实验室、河南省博士后研发基地等均设在研究院。目前在编人员20人，18个研究所兼职人员120人，每年获科研经费资助400余万元。