河南省疾病预防控制中心前身为省卫生防疫站，成立于1953年。2003年11月，省卫生防疫站、省结核病防治研究所组建成立省疾病预防控制中心，核定编制470名，规格副厅级，经费实行全额预算管理。2006年2月，整体搬迁至郑东新区，占地80亩，总建筑面积34190平方米。
2022年编制调整为496名，现有在职职工420人。其中专业技术人员374人，博士21人，硕士188人。高级职称142人，全国劳动模范2人，享受国务院特殊津贴12人。
下设9个业务所（中心）、6个职能处室、13个直属科室。拥有各类仪器设备总价值1.56亿元，达到国内一流水平，认证认可项目达976项。建有全省唯一的BSL-3实验室、49个BSL-2实验室、省A级SPF动物实验室、菌（毒）种保藏中心、国家级艾滋病确证实验室、WHO认证脊灰实验室以及“国家致病菌识别网”区域中心实验室等。拥有河南省重点实验室：河南省传染病病原生物重点实验室；省医学重点学科6个；省医学重点实验室7个；省级创新型科技团队3个。先后获得国家级重大科研成果8项，省部级科技进步奖100余项。2014年以来，主持国家“十三五”科技重大专项1项，承担国家科技重大专项11项；获批国家自然科学基金项目3项，省级项目88项，市厅级项目232项；获批科研项目经费2000余万元；获省级科技奖23项，市厅级科技成果奖53项；发表学术论文1124篇，其中SCI收录90篇，单篇最高影响因子达到45.54。
2011年以来，已经连续3届蝉联“全国文明单位”称号。2017年，在原国家卫计委开展的省级疾控中心规范化建设评比中，位列全国第八名。先后被人社部授予“抗震救灾英雄集体”、被原卫生部授予“全国卫生系统抗震救灾英雄集体”、被中组部授予“全国抗震救灾先进基层党组织”、被全国总工会授予“抗震救灾重建家园‘工人先锋号’”，多年来多次被国家原国家卫计委授予“卫生应急先进集体”“全国疾病预防控制先进集体”等荣誉称号。